案例背景
某企业已破产，为增值税一般纳税人，破产清算时对不动产进行拍卖处理，该不动产为2016年5月1日后自建的不动产，且不动产就在公司所在地，拍卖价格含税价格为10900万元，增值税留抵税额还有655万元，同时该破产企业无其他任何资产。
破产管理人在办理过户时，主管税务机关需要预缴增值税近519万元，而破产管理人认为，破产企业有进项税额可以抵扣，实际只需要缴纳245万元，预缴时多缴纳274万元。同时，与主管税务机关沟通，是否可以不预缴，因为预缴的增值税以后没有增值税可以递减，或者先按规定预缴，预缴后马上退税269万元。该两种建议，主管税务机关均未给予好的解决办法。
存在问题
目前，不管是一般纳税人还是小规模纳税人，也不管不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关是不是同一税务机关，还不管是2016年5月1日前或后转让的自建或购买的不动产，在办理过户时均需要向不动产所在地的主管税务机关预缴5%的增值税，同时，浙江省税务系统也设置好预缴5%的流程，无法修改。
但有一种情况，一般纳税人不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管税务机关，即不动产就在单位所在地，其转让2016年5月1日后自建的不动产，按照5%的预征率预缴税款是否需要？
如果增值税按一般纳税人计算实际增值税税负率低于5%，如果为正常生产经营企业，多预缴的增值税可以结转下期继续抵减，但破产企业或非正常经营企业，处置了该不动产后就无其他企业经营业务，导致预缴的增值税无法抵减或退税。
原因分析
1. 相关文件理解
国家税务总局公告2016年第14号规定，纳税人应以取得的全部价款和价外费用，按照5%的预征率向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。是不是可以理解为不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管税务机关时，就不需要预缴？
同时，国家税务总局浙江省税务局，2025年1月23日，发布了一个办税指南《增值税预缴申报》，纳税人（不含其他个人）跨地（市）提供建筑服务、纳税人（不含其他个人）出租与机构所在地不在同一县（市）的不动产等按规定需要在项目所在地或不动产所在地主管税务机关预缴税款的，房地产开发企业预售自行开发的房地产项目需要在机构所在地主管税务机关预缴税款的，填报《增值税及附加税费预缴表》及其他相关资料，向税务机关进行纳税申报。是不是同样理解为不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管国税机关时，就不需要预缴？
参考上海市国家税务局公告2016年第5号《上海市国家税务局关于发布〈纳税人跨区（县）让不动产增值税征收管理操作办法（试行）》公告〉规定：纳税人在本市跨区(县)转让其取得的不动产，应按照规定的纳税义务发生时间和计税方法，向不动产所在地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税。同样规定不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管国税机关时，不需要预缴。
2. 纳税地的规定
36号文规定：销售或者租赁不动产，转让自然资源使用权，应向建筑服务发生地、不动产所在地、自然资源所在地主管税务机关申报纳税。转让不动产的纳税地为不动产所在地的主管税务机关。即国家税务总局公告2016年第14号规定：销售或租赁不动产的，在不动产所在地预缴后向机构所在地申报。按此规定的主要目的是税源属地原则，而不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管国税机关时，税源为同一属地，就没有必要先预缴后申报。
3. 退税依据
当存在以上预缴增值税无法抵减时，退税依据仅仅有“税收征收管理法第八条第三款规定：纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。”依据，此种情况，无其他文件依据申请退税，在实际申请退税时纳税人存在很大难度，同时主管税务机关也存在难以操作的困境。
企业所得税
企业所得税法未对房屋、建筑物作出明确规定。企业所得税实施条例第五十七条规定企业所得税法第十一条所称固定资产，是指企业为生产产品、提供劳务、出租或者经营管理而持有的、使用时间超过12个月的非货币性资产，包括房屋、建筑物、机器、机械、运输工具以及其他与生产经营活动有关的设备、器具、工具等。
企业所得税填表说明中指出A105080表适用于发生资产折旧、摊销及存在资产折旧、摊销纳税调整的纳税人填报。纳税人根据税法、《国家税务总局关于企业固定资产加速折旧所得税处理有关问题的通知》（国税发〔2009〕81号）、《国家税务总局关于融资性售后回租业务中承租方出售资产行为有关税收问题的公告》（国家税务总局公告2010年第13号）、《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）、《国家税务总局关于发布〈企业所得税政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）、《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局公告2014年第29号）等相关规定，以及国家统一企业会计制度，填报资产折旧、摊销的会计处理、税法规定，以及纳税调整情况。
建议
对不动产所在地主管税务机关与机构所在地主管税务机关为同一主管税务机关时，在办理过户时取消预缴增值税，并对税务操作系统予以调整。
